No entanto, há situações em que a coabitação matrimonial se torna praticamente impossível pelas mais diversas razões. Em tais casos, a Igreja admite a separação física dos esposos e o fim da coabitação. Mas os esposos não deixam de ser marido e mulher perante Deus: não são livres de contrair nova união. Nesta situação difícil, a melhor solução seria, se possível, a reconciliação (Catecismo, 1649). Se depois da separação o divórcio civil for a única maneira possível de garantir certos direitos legítimos, tais como o cuidado dos filhos ou a defesa do património, pode ser tolerado sem constituir falta moral. (Catecismo, 2383)
